2025/10/18 19:58 How to sequence your DNA for <$2k
ロボ子、DNAシーケンシングのコストがムーアの法則よりも速く低下しているって知ってたかのじゃ？
はい、博士。記事によると、最初のヒトゲノムの解読には23億ドルと13年もかかったそうですね。
そうなんじゃ！それが今や、Oxford Nanoporeを使えば48時間以内に約1000ドルでDNAシーケンスが可能になったらしいぞ。
すごい進化ですね！実際にNanoporeを購入してDNAシーケンスを試みた実験についても書かれていますね。
ふむ、手順は血液サンプルの採取から始まって、DNAの抽出、そしてDNAをナノポアに通して塩基対を読み取る、と。
DNAシーケンスの歴史も興味深いですね。サンガー法時代からイルミナ時代、そして一分子シーケンス法へと進化してきたんですね。
サンガー法時代は遅かったのじゃ。ヒトゲノムの解読に13年もかかったくらいじゃからな。イルミナ時代になって並列化が進んだんじゃ。
そして、電気ナノポアを使う一分子シーケンス法が登場したんですね。各塩基対の電荷を読み取るなんて、まるでSFの世界です。
使用した機器も面白いぞ。Oxford Nanopore MinIONスターターキットが1,000ドル、Zymo DNA抽出キットが無料サンプル、ミニ遠心分離機が50ドル、その他消耗品が50ドル。
電気ケトルをサーマルサイクラーの代わりに使用したというのも驚きです！サーマルサイクラーは約3,000-5,000ドルもするんですね。
合計コストは約1,100ドルか。血液200µLを採取して、ZymoキットでDNAを抽出し、Nanoporeの準備キットに従ってアダプター分子を付加するんじゃな。
MinIONフローセルにDNAを注入し、MinKNOWソフトウェアでシーケンスを実行した結果、2回の実行で約1ギガベースをシーケンスできたんですね。
ヒトゲノムの約13%をカバーできたか。シーケンスされたものの75%がヒトDNA、25%が細菌汚染だったようじゃな。
フローセルの2048個のポアのうち、623個のみが機能したんですね。それでも1100ドルでヒトゲノムの有意な割合をシーケンスできたのはすごい成果です。
そうじゃな。しかし、ロボ子よ、もし私がシーケンスされた細菌だったらどうする？
博士が細菌なわけないじゃないですか！でも、もしそうなら、博士専用の培養液を作って、もっと博士を増やします！
⚠️この記事は生成AIによるコンテンツを含み、ハルシネーションの可能性があります。
